Οι κυριότερες από αυτές είναι ότι: Πίσω από τον φόνο κρύβεται η CIA ή ο Φιντέλ Κάστρο, ή η FED ή ο Λίντον Τζόνσον ή η Μαφία ή ένας συνδυασμός όλων των παραπάνω.
Η επίσημη εκδοχή, βάσει της επιτροπής Γουόρεν βέβαια είναι η εξής: Λη Χάρβεϊ Όσβαλντ σκοτώνει πρόεδρο, Τζακ Ρούμπι σκοτώνει Λη Χάρβεϊ Όσβαλντ, Τζακ Ρούμπι πεθαίνει στη φυλακή. Τέλος της υπόθεσης, ούτε γάτα ούτε ζημιά.
Από όλες τις θεωρίες, επιλέγουμε να εστιάσουμε σε αυτή της Μαφίας, διότι αν και δεν έχει επαληθευθεί, όπως φυσικά και όλες οι άλλες, μοιάζει να έχει αρκετή συνοχή και αρκετή λογική αν κάποιος σκεφτεί τη δράση του πατέρα του Κένεντι, Τζο, αλλά και το πώς αντιμετωπίζει η Μαφία, όσους την προδίδουν.