Σε φορολογικές και ποινικές περιπέτειες ενεπλάκη ο Μητροπολίτης Θεσσαλονίκης Άνθιμος, ο οποίος είναι κατηγορούμενος για μη απόδοση φόρου εισοδήματος και ανακριβή απόδοση φόρου προστιθέμενης αξίας συνολικού ποσού που υπερβαίνει τις 460.000 ευρώ.
Η υπόθεση αφορά τη διετία 2004 – 05 και τη διαχείριση του «Ορθόδοξου Ιδρύματος Παιδείας και Πολιτισμού» της Μητρόπολης, το οποίο έχει καταργηθεί, όμως τουλάχιστον τα δύο τελευταία χρόνια της λειτουργίας του δεν απέδωσε φόρους για δραστηριότητες που σχετίζονται με ξενοδοχειακές υπηρεσίες, σύμφωνα με το κατηγορητήριο. Παρ’ ότι αρχικά ο ιεράρχης δεν απολογήθηκε επειδή θεωρήθηκε ότι ήταν «τυπική» η εμπλοκή του και η υπόθεση όδευε στο αρχείο, με παρέμβαση του εισαγγελέα Εφετών η δικογραφία επιστρέφει στην ανάκριση.
Η έρευνα από τις δικαστικές αρχές της Θεσσαλονίκης άρχισε τον Οκτώβριο του 2016, όταν η αρμόδια για τον έλεγχο της συγκεκριμένης επιχείρησης Ζ’ Δ.Ο.Υ. Θεσσαλονίκης υπέβαλε μηνυτήρια αναφορά στην Εισαγγελία για τη μη απόδοση των φόρων, με τη σημείωση ότι το ίδρυμα ασκούσε επιχειρηματική δραστηριότητα και ήταν υπόχρεο τήρησης βιβλίου. Ακολούθησαν διώξεις στα τότε μέλη του διοικητικού συμβουλίου που θεωρήθηκε από την Εισαγγελία ότι λάμβαναν αποφάσεις, με πρώτο τον Μητροπολίτη Άνθιμο ως νόμιμο εκπρόσωπο του ιδρύματος. Συγκεκριμένα, σύμφωνα με το κατηγορητήριο του αποδίδεται η μη απόδοση φόρου εισοδήματος ύψους 181.314 ευρώ για το 2004 και 105.347 ευρώ για το 2005, όπως και η μη ακριβής απόδοση Φ.Π.Α. ύψους 104.452 το 2004 και 81.695 το 2005.
Και οι τρεις κατηγορούμενοι, μεταξύ των οποίων και ο Μητροπολίτης, δεν κλήθηκαν να απολογηθούν στην ειδική ανακρίτρια, καθώς θεωρήθηκε πως δεν είχαν άμεση διαχειριστική σχέση, αφού άλλος ιερέας είχε τη διαχείριση του ιδρύματος. Στη δικογραφία παρατηρείται πως ο προσδιορισμός των συγκεκριμένων ποσών είναι εξωλογιστικός, καθώς ποτέ δεν βρέθηκαν βιβλία της περιόδου εκείνης. Στο πλαίσιο της τυπικής διαδικασίας για να εγκριθεί η αρχειοθέτηση της δικογραφίας, ο αντεισαγγελέας Εφετών Λεωνίδας Νικολόπουλος είχε άλλη άποψη και επέστρεψε τη δικογραφία στην ανάκριση, με την παραγγελία να ληφθεί απολογία από τον Μητροπολίτη Θεσσαλονίκης, θεωρώντας ότι ως πρόεδρος του διοικητικού συμβουλίου του ιδρύματος γνώριζε τη διαχείριση, επομένως πρέπει να διερευνηθεί βαθύτερα η ποινική του ευθύνη. Το ίδιο έπραξε και άλλος εισαγγελέας Εφετών που χειρίστηκε το τμήμα του δεύτερου κατηγορούμενου, ενώ άλλη άποψη εξέφρασε τρίτος εισαγγελέας που ενέκρινε την αρχειοθέτηση ως προς τον τρίτο κατηγορούμενο.
Το συγκεκριμένο ίδρυμα καταργήθηκε το 2005 με απόφαση της Ιεράς Συνόδου ύστερα από πρόταση του Μητροπολίτη Άνθιμου και συστάθηκε στη θέση του το «Εκπαιδευτικό και πολιτιστικό ίδρυμα της Ιεράς Μητρόπολης Άγιος Γρηγόριος ο Παλαμάς» στο οποίο πρόεδρος του διοικητικού συμβουλίου είναι ο Μητροπολίτης Θεσσαλονίκης και στις τάξεις του λειτουργεί η ίδια ξενοδοχειακή μονάδα.