Η 2η φάση, είναι η φάση των Ομίλων με κάθε ομάδα να αντιμετωπίζει τις υπόλοιπες από μία φορά και τις ομάδες από την Super League, να δίνουν έναν αγώνα στην έδρα τους και δύο εκτός έδρας.
Όπως αναμενόταν μετά και την κλήρωση των γκρουπ δυναμικότητας, δεν προέκυψε κάποιος όμιλος με ντέρμπι ανάμεσα στους «μεγάλους» της πρώτης κατηγορίας.
Αναλυτικά οι Όμιλοι
1ος
- ΠΑΟΚ
- Λάρισα
- Τρίκαλα
- Πανελευσινιακός ή Ζάκυνθος
- Ολυμπιακός
- Πλατανιάς
- Χανιά
- Σπάρτη
- Παναθηναϊκός
- Ηρακλής
- ΟΦΗ
- Απόλλων
- ΠΑΣ Γιάννινα
- Ξάνθη
- Αγροτικός Αστέρας
- Καλλονή
- Αστέρας Τρίπολης
- Βέροια
- Άρης
- Αιγινιακός
- ΑΕΚ
- Κασσιόπη
- Αναγέννηση Καρδίτσας
- Λαμία
- Ατρόμητος
- Παναιτωλικός
- Καλλιθέα
- Πανθρακικός
- Πανιώνιος
- Λεβαδειακός
- Κισσαμικός
- Πανσερραϊκός
Βάσει προγράμματος, οι αγώνες της 2ης φάσης θα αρχίσουν στις 25 Οκτωβρίου και θα ολοκληρωθούν στις 15 Δεκεμβρίου. Στην 3η φάση της διοργάνωσης θα προκριθούν οι δύο πρώτες ομάδες από κάθε όμιλο. Σε περίπτωση ισοβαθμίας, για την τελική κατάταξη των ομάδων θα ληφθούν υπόψη, κατά σειρά, τα ακόλουθα κριτήρια:
- Περισσότεροι βαθμοί στους αγώνες μεταξύ των ομάδων που ισοβαθμούν
- Διαφορά τερμάτων στους αγώνες μεταξύ των ομάδων που ισοβαθμούν
- Καλύτερη επίθεση σε όλους τους αγώνες του ομίλου
- Καλύτερη άμυνα σε όλους τους αγώνες του ομίλου